한국에서는 2022년까지 개봉되지 않았고,투니버스에서 1기와 2기를 묶어서 1996년에 방영했다. 테츠로, 메텔, 차장의 주요 성우진은 1980년대 그대로 기용해서 방영했다. 하지만 해설은 MBC 1980, 1996년대판을 맡은김용식이 아닌 하록 성우인신성호가 맡았다. 나레이션 분량이 너무 적어서 비용 문제상 섭외를 못한 것인데, 신성호가 한 나레이션도 상당히 잘 어울려서 평은 좋았다. 이 애니 더빙 작업에 참여한송락현의 말로는 테츠로와 메텔 역을 맡았던 우문희, 정희선이 은퇴하고 교회 선교 일에 열심이었던 탓에 오랜만에 성우로 참여할 때 꽤 고생했다고 한다.

방영 당시 일본 문화 개방이 완전히 이루어지지 않아서 작중에 등장하는 일본어를 모두 편집해야 했는데, 단 한 컷도 자르지 않고 장면 일부를 수정했다. 오프닝 크레딧은 본편 영상 클립을 작은 사이즈로 편집해서 가리고, 엔딩 크레딧은 은하철도 999의 설명 자막이 나오는 것으로 대체했으며, 작중 삽입곡 중 1기의 "The Galaxy Express 999"와 "Taking Off"는 영어 버전으로 대체했다. 당시 999 극장판은 미국에도 출시되었는데, 여기에 들어간 두 곡의 영어 버전을 가져다 쓴 것이다. 1기 중간의 류즈의 테마곡은 TV판에 삽입된 데류즈의 테마곡 중 연주 부분만 편집하였고, 2기 엔딩곡은 가사 자체는 영어였지만 하필 곡 제목이 "Sayonara"라는 일본어인 데다 이 단어가 곡 중간중간에 들어가 있어서 그대로 넣지 못하고 TV판 엔딩 연주곡인 "푸른 지구"로 대체했다. 그야말로 한 컷도 안 자르면서 심의를 통과하기 위한 각종 노력이 총동원된 결과물. 

• 린 타로감독은 전편으로 보여줄 거 다 보여줬는데 뭘 또 만드냐며 감독을 고사했으나 회사에서 강제로 시켜 만들게 되었다고 한다. 프로듀서가 역까지 쫓아오고 안 해주면 당신 집 앞에서 노숙을 하겠다고 해서 "그러면 전작의 핵심 스태프를 그대로 불러주면 하겠다." 라는 조건으로 받아들였다고 한다.

• 린 타로 감독에 따르면 이 영화의 주제는 전쟁 반대이며, 폴란드의 영화감독안제이 바이다작품의 오마주라고 한다. 그래서 연출과 편집이 극장판 1부와 전혀 다르다고 한다. 두 작품을 쭉 이어서 보면 위화감이 있을 수 있으니 중간에 며칠 정도 텀을 두고 보는 것을 권한다고 한다. 계획에 없이 억지로 만든 작품이지만 린 타로 감독은 이 작품에 만족한다고 한다.

• 린 타로 감독 작품 중 반전을 테마로 한 건 이 작품 하나라고 한다. 자신이 생각하길 애니메이션의 제한된 정보량으론 전쟁의 참상을 다 담을 수 없으며, 자칫 잘못하면 아릅답게, 멋지게 비춰질 수 있기 때문이라고 한다.