한국에서는 2022년까지 개봉되지 않았고,투니버스에서 1기와 2기를 묶어서 1996년에 방영했다. 테츠로, 메텔, 차장의 주요 성우진은 1980년대 그대로 기용해서 방영했다. 하지만 해설은 MBC 1980, 1996년대판을 맡은김용식이 아닌 하록 성우인신성호가 맡았다. 나레이션 분량이 너무 적어서 비용 문제상 섭외를 못한 것인데, 신성호가 한 나레이션도 상당히 잘 어울려서 평은 좋았다. 이 애니 더빙 작업에 참여한송락현의 말로는 테츠로와 메텔 역을 맡았던 우문희, 정희선이 은퇴하고 교회 선교 일에 열심이었던 탓에 오랜만에 성우로 참여할 때 꽤 고생했다고 한다.
방영 당시 일본 문화 개방이 완전히 이루어지지 않아서 작중에 등장하는 일본어를 모두 편집해야 했는데, 단 한 컷도 자르지 않고 장면 일부를 수정했다. 오프닝 크레딧은 본편 영상 클립을 작은 사이즈로 편집해서 가리고, 엔딩 크레딧은 은하철도 999의 설명 자막이 나오는 것으로 대체했으며, 작중 삽입곡 중 1기의 "The Galaxy Express 999"와 "Taking Off"는 영어 버전으로 대체했다. 당시 999 극장판은 미국에도 출시되었는데, 여기에 들어간 두 곡의 영어 버전을 가져다 쓴 것이다. 1기 중간의 류즈의 테마곡은 TV판에 삽입된 데류즈의 테마곡 중 연주 부분만 편집하였고, 2기 엔딩곡은 가사 자체는 영어였지만 하필 곡 제목이 "Sayonara"라는 일본어인 데다 이 단어가 곡 중간중간에 들어가 있어서 그대로 넣지 못하고 TV판 엔딩 연주곡인 "푸른 지구"로 대체했다. 그야말로 한 컷도 안 자르면서 심의를 통과하기 위한 각종 노력이 총동원된 결과물.