사실 검은조직에서도 코난 정체를 알아냈거나 알아낼뻔한 사람들은 있음

그런데...

피스코 

하이바라 아이가 미야노 시호라는 걸 한눈에 파악한 인물. APTX4869에 대해서도 알고 있었던 걸로 보이니 조금만 조사했으면 시체도 사망신고도 없이 사라진 쿠도 신이치와 그 주변에서 갑자기 등장한 에도가와 코난의 연관성을 발견했을 가능성도 있음.

하지만 임무 중 정체가 노출되었다는 이유로 진에게 숙청당함.

아이리시 

경찰로 변장해 잠입 중 쿠도 신이치와 에도가와 코난의 지문을 대조해 둘이 동일인물이라는 사실을 알아냄. 그러나 부자1지간이나 다름없을 정도로 가깝던 피스코를 숙청한 진에게 불만을 품고 있어서 이 사실을 보고하지 않음.

그리고 임무 중 정체가 노출되었다는 이유로 진에게 숙청당함.

베르무트 

APTX4869에 대해서도 알고 있고, 쿠도 신이치의 어머니인 쿠도 유키코와 오랜 친분도 있다보니 신이치의 어린 시절과 똑같은 코난의 모습을 보고 그 정체를 눈치챔.

하지만 자기 목적을 위해 윗선에 보고하지 않고 코난을 보호중

셰리 

APTX4869의 개발자. 당연히 부작용에 대해서도 알고 있어서 쿠도 신이치가 약을 먹고 유아화했을 가능성이 있다고 판단. 조금만 더 조사했다면 코난의 정체를 밝혀냈을 가능성이 높음. 

하지만 언니의 죽음을 계기로 조직의 명령을 거부, 감금된 상태에서 자1살하려고 먹은 APTX4869의 부작용으로 유아화되어 탈출함. 이후 아가사 박사의 도움을 받아 하이바라 아이라는 가명을 쓰는 중. 

미야노 아케미 

말단 조직원. 동생을 조직에서 빼내기 위해 10억엔 강탈 사건을 일으킴. 총에 맞고 죽어가는 모습을 본 코난이 스스로 정체를 밝힘.

총 쏜 사람은 진. 

코난 정체를 알거나 알아낼뻔한 조직원 중 배신자와 비밀주의자 빼면 얘가 다 죽임