이야기는 검은 조직이 만든 약으로 "에도가와 코난"이 되기 직전의 일이다. 고등학생 탐정 쿠도 신이치는 소꿉친구 모리 란과 베이카 수족관에 있었다. 목적은 별거 중인 란의 부모님, 모리 코고로와 키사키 에리를 화해시키기 위한 작전인 "수족관 깜짝 재결합 러브 부활 대작전"이다.

하지만 즐거운 시간은 한순간에 끝나고 만다. 인파의 끝에서 수상한 기운을 느낀 신이치는 살인 사건을 직감하고, 란에게 직원을 부르라고 지시한다. 비명 소리조차 들리지 않았는데, 어떻게 사건을 알아차렸는지 묻는 란에게 신이치는 "냄새 때문이야"라고 대답한다... 핏냄새를 맡고 현장으로 달려가, 가지고 있는 모든 감각을 사용해 범인을 밝혀내는 비색의 고등학생 추리극이 시작된다! 그리고, 사건의 끝에는 그날로 이어지는 "또 다른 복선"이...!?