『마법기계인간 906』은 수수께끼로 가득한 세계를 무대로 펼쳐지는 “육탄 액션 판타지”이다. 남고생 오이츠카미 유키는 어느 날 길거리에서 점쟁이에게 불려 세워지고, 여동생을 위해 이상한 부적을 받는다. 여동생 미유는 어느 날 갑자기 방에 틀어박혀 나오지 않게 되었고, 유키와 가족들은 그녀를 걱정하고 있었다. 그런 여동생을 생각하며 받은 부적을 바라보고 있던 유키는 이세계로 날아가게 되고, 사이보그 같은 몸을 지닌 “마법기계인간”이 되어버리면서 이야기가 시작된다.