2029년 4월 10일, 쿠사나기랑 아라마키가 공안 9과, 통칭·공각 기동대를 설립하려고 했을 때, 미국에서는 수많은 사건이 발생한다. FBI나 AI 연구자, 그리고 군이 사건을 쫓는 가운데, 쿠사나기는 어느 싸움을 목격하게 된다.